如果车主投保了车辆自燃损失附加险，那么保险公司会赔偿。通常情况下，保险公司规定，在保险单载明的保险金额内，自燃损失险的赔偿需按照保险车辆的实际损失计算赔偿，由保险公司人员进行定损，说明基本情况，在经过鉴定后，是车辆自燃事故(不是人为)，那么保险公司就可以给消费者赔偿了。

车辆自燃险，全称为车辆自燃损失保险，指负责赔偿因本车电器、线路、供油系统发生故障及运载货物自身原因起火造成车辆本身的损失。它是机动车车辆损失保险的一个附加险种，车主只有在投保机动车辆损失保险的基础上，方可投保车辆自燃险。自燃险的保险金额一般按保险车辆的实际价值协商确定，保费并不高。