全国股转系统设置基础层、创新层和精选层，符合不同条件的挂牌公司分别纳入不同市场层级管理。

精选层为公众化水平较高的优质企业，创新层为初具规模尚处于高速成长的企业，基础层为基本满足挂牌条件的中小企业。随着层级的上升，交易功能增强，对于企业的财务状况也要求更高，监管标准也更为严格。精选层所实施的交易规则与基础层和创新层也有所不同。

通过分层可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，更好地为中小微企业提供融资、交易、并购、发债等方面的金融服务。