新三板在进行改革后，将分为基础层、创新层、精选层。主要区别如下：

1、企业门槛不同

基础层、创新层、精选层对挂牌企业的要求不同，精选层的门槛是三个层次中最高的。另外，监督部门对精选层企业的信息披露要求、监督管理也是更严格的。

2、交易机制不同

基础层、创新层采用的是集合竞价交易方式，基础层每一个小时撮合一次，创新层每10分钟撮合一次，而精选层采用连续竞价的方式进行交易。

3、投资者门槛不同

基础层、创新层、精选层对投资者的资金要求不同，基础层要求投资人前10个交易日账户资产日均不低于200万元，创新层是150元，而精选层是100万元。

综上所述，新三板基础层、创新层、精选层区别还是比较大的，大家需要选择合适自己的来进行投资。