农业银行短信通知欠费，用户可以通过柜台、网银、掌银补缴短信通知手续费，具体流程如下：

1、掌银：首先，用户登录掌银APP，点击“全部”选项，接着选择“助手”，在新弹出的界面点击“短信通知”，选择欠费账户后根据页面提示补缴借记卡短信通知费用，只需交纳当月使用费，补缴费业务适用于K宝、K令客户。

2、网银：首先，用户登录个人网银，点击“安全”选项，在新弹出的界面选择“消息服务”，然后点击“消息服务缴费”，用户只有欠费时才可看到该菜单。

3、柜台：持卡人持有效身份证件、开通短信通知的银行卡到全国任一农行网点进行缴费。