蒙商银行由存款保险基金管理公司会同建设银行、徽商银行、内蒙古自治区财政厅、包头市财政局，以及部分有实力的国有企业联合发起设立。该银行定位于城市商业银行，经营范围限定于内蒙古自治区内，主要服务内蒙古地区经济社会发展。2020年4月9日，中国银行保险监督管理委员会批准了新银行即蒙商银行的筹建申请。

2020年4月10日，中国人民银行金融稳定局副局长黄晓龙介绍，包商银行改革重组平稳有序推进。按照市场化、法治化原则，拟设立一家新银行——蒙商银行，收购承接包商银行在内蒙古自治区内的全部资产、负债、业务和人员。

2020年4月29日，中国银行保险监督管理委员会内蒙古监管局批准了蒙商银行的开业申请。

2020年4月30日，蒙商银行完成工商登记，依法设立。