支付系统清算账户是指经中国人民银行批准的支付系统(中国现代化支付系统)直接参与者和特许参与者在人民银行各级分支机构开设的用于办理支付业务资金清算的存款账户。

对商业银行直接参与者而言，支付系统清算账户即其存款准备金账户。间接参与者不存在清算账户，银行间业务通过其所属上级行直接参与者(清算行)进行处理。

清算账户通过清算账户管理系统实现支付业务资金清算的处理，并通过该系统管理清算账户。清算账户在设置和使用上采用“物理上集中摆放，逻辑上分散管理”的方式进行，即支付系统直接参与者在人民银行当地分支机构开设存款准备金账户，由中央银行会H-核算系统(ABS系统)办理业务并进行管理，而物理上集中在国家处理中心(NPC)存储，并由国家处理中心进行资金清算。