个体工商户网上年检应登录全国企业信用信息公示系统，选择所属地区后进入企业公示信息填报。随后登录年报系统，在新的界面点击“年度报告填写”，选择需要填报的年度并确定后点击在线填录进入年报录入，根据提示进行填写即可。

需要注意的是，国家工商总局2014年2月19日发出通知，自2014年3月1日起正式停止企业年度检验制度，即企业工商年检制度自此退出历史舞台。根据《注册资本登记制度改革方案》，企业年度报告公示制度正式取代企业年检制度。