异行支付下的电子支票支付流程：客户填写电子支票，数字签名后发送给商家，商家认证无误后转交给银行索付即可。

（1）客户填写电子支票，数字签名后发送给商家。

（2）商家收到电子支票后向CA中心请求认证，认证无误后转交给银行索付。

（3）商家开户行通过CA中心进行确认后，向资金清算系统请求兑付。

（4）资金清算系统向客户开户行申请兑换支票，并把相应资金划拨到商家开户行。

（5）商家开户行向商家发送到款通知（资金入账），客户开户行向客户发送付款通知（资金下账）。