新农合平时无法缴费，只能在年底统一开展筹资工作时才能缴费。新型农村合作医疗是按年度缴费和享受待遇的，一般情况是当年的12月31日前办理下一个年度的参保和缴费。待遇是从参保缴费的下一年度的1月1日开始享受。新农合每年10月中旬开始筹资，第二年1月1日开始生效，享受报销。
中国大部分地区参合过程中出现断缴的情况，再参合无需补缴上年度未参合的费用。但个别地区需要补缴，如山东省上年度没参合，下年度想参合，但必须补缴上年度的参合费用，包括国家补助部分。
2010年实现新型农村合作医疗制度基本覆盖农村居民的目标，东部地区可在规范管理的基础上加快推进速度，有条件的地区可探索多种形式的农村医疗保障办法。
