有的。补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，两者的基本特征是相同的，都是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有。但两者的区别在于：住房公积金是强制缴存的，补充住房公积金是根据单位的效益情况，由单位确定是否缴存。住房公积金适用于全市各个单位和职工，补充住房公积金只适用于企业和自收自支的事业单位。住房公积金的缴存比例全市是统一的，补充住房公积金的缴存比例在规定的幅度（1999年7月1日起定为1%～8%）内由单位自主决定。住房公积金每月缴存额有上下限规定。补充住房公积金则没有每月缴存额上下限的规定。住房公积金个人缴存部分可以在个人所得税前支付，但补充住房公积金个人缴存部分则应纳入个人所得税的纳税基数。

有的。由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联，借款人在办理冲还贷手续时只要提供了基本公积金账号，计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款，扣款顺序先扣基本公积金账户，后扣补充公积金账户。