二者主要区别表现在以下几个方面:
一，产品设计者不同。大额存单是由央行设计，并颁布<大额存单管理暂行办法>，要求各家银行参照执行销售，但大额存款属于商业银行自主研发和自主定价定价产品，仅对监管备案。
二，发行期不同。大额存单发行机构一旦向监管报备年度发行计划并经批准后，采用每月滚动销售模式，客户在全年任何时候都可以购买；大额存款一般属于阶段性存款活动产品，比如年初“开门红”存款活动推出的特色存款产品，活动结束或额度售完后，产品则下架，不再销售。
三，起存金额不同。大额存单按照监管要求，不论哪款产品最低起存都是20万，低于20万销售的属于违规销售；而大额存款是由商业银行自主定价，其金额不受监管限制，可以3万、5万或10万起存，也可以根据需要超过20万起存。
四，期限也有所区别。大额存单按照要求，只能最多包括1月、3月、6月、9月、1年、18月、2年、3年和5年等9个品种，但大额存款则不受限制，由商业银行自主设定期限，比较灵活。
五，利率和计息规则也不同。由于发行大额存单的商业银行必须是全国性市场利率定价自律机制成员单位，所以大额存单利率制定有软约束，不能无底线操纵利率，引发不当竞争。就目前利率行情观察，3年期和5年期利率上浮没有超过基准利率的55%，最高利率仅4.2625%。而大额存款定价灵活，有的银行200万起存一年利率达到4.3%，500万起存一年利率达到4.6%。
在计息规则上，大额存单一般采用提前支取利息靠档计算方式，高于活期存款利率。但大额存款一般没有这种待遇，按照定期存款计息规则，提前支取部分按照支取日挂牌活期利率计算利息。与大额存单比较，提前支取损失的利息更多。
