贷款100万被扣除了3%的手续费，实际到手97万，这种就叫砍头息。而我国《合同法》第200条明确规定，借款的利息不得预先在本金中扣除，利息，预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。
根据这个法律规定，如果你实际拿到手的钱只有97万，那就按97万计算利息，而且还本金的时候只需要还97万就可以了。
比如2016年发改委发布了《商业银行收费行为执行指南》，其中第16条明确规定，商业银行以信贷方式提供融资时，应当区分工作职责和有偿服务。对于根据相关规定，在信贷业务中开展的尽职调查、贷款发放、支付管理、贷后管理等应尽的工作内容，不属于实质性有偿服务。
另外第21条规定，商业银行应当承担合理的业务成本，不得转嫁。认定转嫁成本的考虑因素具体包括但不限于： 融资过程中需要办理公证、登记、保险、评估等业务时，按照法律、法规、规章规定或者合同约定应由商业银行承担费用的，是否将相关费用转嫁给客户承担。
所以目前银行在收费的时候都会比较谨慎，即便有一些项目收费也必须合理，而且必须明码标价才可以，而且这些费用在放款之前一般都会让你先交。
你贷款100万到手97万，有可能是被中介或者银行信贷人员自己扣除了。
你说贷款100万到手97万，我觉得最有可能的两种情况是，要么被银行信贷人员自己给坑了，要么就是被中介收费了。
去银行贷款，大家接触最多的就是银行的客户经理，而现在有一些银行客户经理并不安分，在帮客户办理贷款的时候，都会跟客户约定，要收取一定的好处费，如果在银行正式发放贷款之后，这些信贷经理会从客户的银行卡中扣除一部分费用到自己掌控的一些别人账户上，费用标准一般是1%——3%不等，如果是这种情况，那你可以把银行信贷员投诉到银行里面去，这样这个信贷员就有可能被处罚。不过这么做之后，你以后在这家银行贷款估计就会相对较难了。
第2种情况、你不是直接去银行贷款，而是找中介帮你办理。
大家可能经常接到一些贷款电话号称是银行贷款，但实际上这些人本身不是银行的工作人员，只不过是中介机构，他们跟银行有长期的业务合作关系，所以可以帮客户从银行拿到贷款，但是他们要收取一个服务费，这个服务费不同的机构收费标准不一样，正常情况下是2％——5%不等。
